BioRxiv

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BioRxiv简介

《BioRxiv》是美国的一个非營利组織Cold Spring Harbor Laboratory于2013年創建的学術論文存儲和發布平台，也被称為预印本在线期刊。预印本是指科研人员在正式出版之前，自願將研究成果發布在学術会議或互联网上，以便进行同行交流。与传統在线学術期刊相比，预印本具有类似的特点，如公開發表、标准格式和自动獲取等，但最顯著的区别是無需同行評审。

BioRxiv官网: https://www.biorxiv.org/

BioRxiv怎么样?

由于無需同行評审，投稿至《BioRxiv》的周期較短，只需透過基本筛查，如非剽竊抄袭、科学性和非攻擊性等即可發表。嚴格来說，《BioRxiv》并非一本雜志，因此没有影响因子。

優势

《BioRxiv》相對于传統期刊的優势有哪些？

為何要將手稿投至《BioRxiv》？首先，可以尽早發表研究成果，避免同行較早發表相似研究成果而打乱發表计劃。《BioRxiv》具有高效的时间管理，48小时内即可顯示，作為先后顺序的證据。其次，《BioRxiv》發表論文是免費的。此外，与传統論文一样，可透過DOI和PMID进行检索和引用。自《BioRxiv》成立以来，越来越多的医学期刊加入合作，包括《科学》、《自然》和《柳叶刀》等。预计未来將有更多期刊与《BioRxiv》合作。

手稿可在提交其他期刊之前或評审阶段發布在《BioRxiv》上，但如果已被其他期刊接受，则不应再發表于《BioRxiv》上。在正式接受文章之前，作者可随时提交修订版本。一旦手稿提交至《BioRxiv》，作者可收到同行的反馈意見。

当然，第一时间將研究成果發布至《BioRxiv》也存在缺点，若后續投稿不顺利，很容易被他人的最新成果覆蓋甚至抄袭。

因此，是否使用《BioRxiv》發布文章需要作者自行權衡利弊。然而，个人认為基礎研究周期較长，很少存在被抄袭的情况。而且，對学術不端行為进行了嚴格查處，一旦确认，相關科研人员將承受巨大的代价。

在生物学领域，文章即你的通行證。然而，文章的發表是一个耗时耗力耗心血的过程，从投稿—送审—收到修改意見—修回—接收，少說也得有3-5个月，这还是在一次性成功的情况下。更常見的是多次修回的，拒稿重投的，耗上个一年半载甚至數年也是常事（Nature論文修回的时间不限，修个两三年也是很常見的事情）。当你急需文章需要毕業或者申请職位或基金时，一个不需要同行評审的预印本發行和存儲服務—BioRxiv（發音為bio-archive）或許能帮助你，并且该服務是免費的。

BioRxiv测評

首先简單介绍一下BioRxiv: 它由非營利的研究和教育机构冷泉港實验室在2013年發起并運维，將其作為一种促进学術交流的方法，目前只接收英文手稿。由于不需要同行評审，所以耗时短。只要你的文章透過了攻擊性和/或非科学性、剽竊抄袭等基本筛查即可發表。BioRxiv不是雜志，所以没有影响因子。当你將手稿提交到BioRxiv后，你可以收到同行的反馈意見。手稿可以在提交雜志之前或雜志評审阶段發布在BioRxiv上，但如果已被雜志接收，则不应發布。在期刊正式接受文章之前，作者可以随时透過点擊作者区域内的“提交修订”来提交文章的修订版本。一旦發布到biorxiv上，文章就可以引用，因此無法删除。

BioRxiv有如下几点優势：1）可以尽早地公開自己的發现，当你的手稿在线發表在BioRxiv后，BioRxiv会顯示發表时间，这可以避免以下尴尬：在这漫长的投稿-發表过程中，你的竞争者捷足先登，在雜志上發表了和你类似的發现，这可能会打乱你原来的發表计劃，轉投其他雜志，或者再补充新的資料超越前者。而BioRxiv因為其时效快，48小时内即可顯示，可以作為先后顺序的證据，或引導你和竞争者背靠背發表。2）發表在BioRxiv上的文章也可以作為申请基金或者岗位的筹碼，大多數研究資助者開始將预印本“合法化”。目前，英国医学研究理事会、NIH以及霍華德·休斯医学研究所都鼓勵受資助者在基金申请書中引用预印本，而不只是經过同行評議的論文。陳和扎克伯格基金会（CZI）甚至要求受資助者在論文被提交给期刊的同时發表预印本。

作為当下生物领域最大的预印本發行服務，BioRxiv的流行度如何呢？哪个專業的文章發表最多呢？發表在BioRxiv上的文章最終發表在哪些雜志上了？这些文章的引用率和下载量如何呢？明尼蘇达大学的Ran Blekhman 和Richard J.Abdill就这些問题對2013-2018年11月的37,648篇文章进行了資料分析，他们發现發表在BioRxiv的文章量呈逐年逐月递增趋势（圖1a），下载量也成递增趋势（圖1b），同时選择發表在BioRxiv的作者數目也在增加（圖1c）。其中2018年投稿數目為18,825，比之前四年的总合还多，这里面神經科学和生物信息学方向的文章數目和比重最高，分占一二席。單2018年10月就有2,000投稿量。下载量方面，單篇文章的下载量中位數是279，其中基因组学的單篇下载量中位數最高，為496，但由于神經科学文章量最多，使其在下载总量方面于2018年10月首次超过生物信息学。目前已有十万六千多作者在BioRxiv上投稿，2018年新增了84,000作者。这些資料都顯示 BioRxiv越来越被认可。 

 

圖1.BioRxiv的累积投稿量、下载量及投稿作者數目。a)投稿量的整体趋势。b) 总下载量的整体趋势。c)每年向BioRxiv投稿的新增作者數及总作者數。

那么这些预印本手稿的發表情况如何呢？如果手稿已發表在雜志上，BioRxiv网站会在文章题目下方给出手稿發表雜志的链接，参照这一資料，迄今為止已有42%的文章被發表。其中进化生物学發表率最高，神經科学發表數目最多（圖2）。不过这一統计結果有个小問题，因為有些预印本在發表过程中改變了名称，所以實際上这一資料更高，并且2017年以前上传的预印本發表率基本上在60%以上， 2018年的發表率約為20%，拉低了平均水平，但也可以理解，毕竟2018年新上传的手稿需要足够时间發表。

 圖2. 不同專業领域预印本發表的比例（b）和數目（c）

另一个大家比較關注的問题是：预印本都去哪兒了？發表在什么雜志上了呢？資料顯示这些文章最終發表在1,531种不同雜志上，其中Scientific Reports 發表了最多（828），其次是elife(750)和PLOS ONE（741）(圖3)。虽然數目不多，还是有预印本發在高影响因子雜志上，如：至2018年11月，已有35篇文章發表在Cell上。那么这些文章的發表周期如何呢？作者統计了从预印本上传日期和雜志發表日期的时间间隔，發现發表周期中位數是5.5个月，75%的雜志能在8个月内發表，90%的雜志能在一年内發表，而最长記錄是三年七个月。Nature Genetics的中位發表周期最长，約9个月；G3雜志最短，約4个月。

 

圖3.预印本的雜志發表情况：發表在Scientific Reports、elife、PLOS One雜志上的预印本數目最多

预印本的下载量可以表征该预印本的受關注程度。作者結合雜志影响因子和预印本下载量發现，高下载量的文章通常也發表在高影响因子雜志上，具有較高的正相關性（圖4）。發表在Nature Methods和Nature Genetics雜志上的预印本單篇下载量最高，而PLOS ONE上單篇下载量最低.

圖4.發表在不同雜志上的预印本的單篇文章下载量。中间框顯示雜志影响因子与其预印本中位下载量的關系。

怎么样？是否也打算將你未發表的手稿先發布在bioRxiv预印本上呢？